TEST DATA

DNA sequences


>NucSeq1
ATGAACGACGAAACACAATTTACAAATAAGGCCAACGAAATTATCCGTTTGGCCCAGAAATTGGCTCAGGATCACAGACATGCTCAGTTACAACCAATTCACTTACTTGCTGCATTTGTTGAGCCAAACGAGGATGGTTC

>NucSeq2
ATGGCTGATTATCCTTTTACTGACAAAGCCGCAAAGACATTGTCTGATGCGTACTCAATTGCACAATCTTATGGTCATTCACAATTAACCCCTATTCACATTGCTGCTGCTCTTTTGTCCGACAGTGACAGTAACGGTAC

>NucSeq3
ATGAACGACGAAACGAAGTTTACGAACAAAGCTCTCGATATCATCACCATTGCACAGAAACTAGCACAGGACCACCAGCATTCGACGCTGGTGCCTCTACACGTGCTTGCAGCGTTCGTAGAGACACCTGCTGATGGTAG

Protein Sequences


>LCseedSfl
MKKLTVAISAVAASVLMAMSAQAAEIYNKDSNKLDLYGKVNAKHYFSSNDADDGDTTYVRLGFKGETQINDQLTGFGQWEYEFKGNRAESQGSSKDKTRLAFAGLKFGDYGSIDYGRNYGVAYDIGAWTDVLPEFGGDTWTQTDVFMTGRTTGVATYRNNDFFGLVDGLNFAAQYQGKNDRTDVTEANGDGFGFSTTYEYEGFGVGATYAKSDRTNDQVIYGNNSLNASGQNAEVWAAGLKYDANNIYLATTYSETQNMTVFGNNHIANKAQNFEVVAQYQFDFGLRPSVAYLQSKGKDLGAWGDQDLIEYIDVGATYYFNKNMSTFVDYKINLIDKSDFTKASGVATDDIVAVGLVYQF
>PhoEseedEco1
MKMKKSTLALVVMGIVASASVQAAEIYNKDGNKLDVYGKVKAMHYMSDNDSKDGDQSYIRFGFKGETQINDQLTGYGRWEAEFAGNKAESDTAQQKTRLAFAGLKYKDLGSFDYGRNLGALYDVEAWTDMFPEFGGDSSAQTDNFMTKRASGLATYRNTDFFGVIDGLNLTLQYQGKNENRDVKKQNGDGFGTSLTYDFGGSDFAISGAYTNSDRTNEQNLQSRGTGKRAEAWATGLKYDANNIYLATFYSETRKMTPITGGFANKTQNFEAVAQYQFDFGLRPSLGYVLSKGKDIEGIGDEDLVNYIDVGATYYFNKNMSAFVDYKINQLDSDNKLNINNDDIVAVGMTYQF
>PhoEseedEco2
MKMKKSTLALVVMGIVASVSVQAAEIYNKDGNKLDVYGKVKAMHYMSDNDSKDGDQSYIRFGFKGETQINDQLTGYGRWEAEFAGNKAESDTAQQKTRLAFAGLKYKDLGSFDYGRNLGALYDVEAWTDMFPEFGGDSSAQTDNFMTKRASGLATYRNTDFFGVIDGLNLTLQYQGKNENRDVKKQNGDGFGTSLTYDFGGSDFAISGAYTNSDRTNEQNLQSRGTGKRAEAWATGLKYDANNIYLATFYSETRKMTPISGGFANKTQNFEAVAQYQFDFGLRPSLGYVLSKGKDIEGIGDEDLVNYVDVGATYYFNKNMSAFVDYKINQLDSDNKLNINNDDIVAVGMTYQF
>PhoEseedEco4
MKKSTLALVVMGIVASASVQAAEIYNKDGNKLDVYGKVKAMHYMSDNDSKDGDQSYIRFGFKGETQINDQLTGYGRWEAEFAGNKAESDTAQQKTRLAFAGLKYKDLGSFDYGRNLGALYDVEAWTDMFPEFGGDSSAQTDNFMTKRASGLATYRNTDFFGVIDGLNLTLQYQGKNENRDVKKQNGDGFGTSLTYDFGGSDFAISGAYTNSDRTNEQNLQSRGTGKRAEAWATGLKYDANNIYLATFYSETRKMTPITGGFANKTQNFEAVAQYQFDFGLRPSLGYVLSKGKDIEGIGDEDLVNYIDVGATYYFNKNMSAFVDYKINQLDSDNKLNINNDDIVAVGMTYQF
>PhoEseedSen1
MNKSTLAIVVSIIASASVHAAEVYNKNGNKLDVYGKVKAMHYMSDYDSKDGDQSYVRFGFKGETQINDQLTGYGRWEAEFAGNKAESDSSQQKNRLAFAGLKLKDIGSFDYGRNLGALYDVEAWTDMFPEFGGDSSAQTDNFMTKRASGLATYRNTDFFGIVDGLDLTLQYQGKNEDRDVKKQNGNGFGTSVSYDFGGSDFAVSGAYTLSDRTREQNLQRRGTGDKAEAWATGVKYDANDIYIATFYSETRNMTPVSGGFANKTQNFEAVIQYQFDFGLRPSLGYVLSKGKDIEGVGSEDLVNYIDVGATYYFNKNMSAFVDYKINQLDSDNTLGINDDDIVAIGLTYQF
>PhoEseedSen2
MNKSTLAIVVSIIASASVHAAEVYNKNGNKLDVYGKVKAMHYMSDYDSKDGDQSYVRFGFKGETQINDQLTGYGRWEAEFAGNKAESDSSQQKTRLAFAGLKLKDIGSFDYGRNLGALYDVEAWTDMFPEFGGDSSAQTDNFMTKRASGLATYRNTDFFGIVDGLDLTLQYQGKNEDRDVKKQNGDGFGTSVSYDFGGSDFAVSGAYTLSDRTREQNLQRRGTGDKAEAWATGVKYDANDIYIATFYSETRNMTPVSGGFANKTQNFEAVIQYQFDFGLRPSLGYVLSKGKDIEGVGSEDLVNYIDVGAIYYFNKNMSAFVDYKINQLDSDNTLGINDDDIVAIGLTYQF


LAB EXERCISE DATA

Activity 3.1


Unaligned DNA sequences for Questions 1-3 below:

>BR110MP90
TAATATCAATAGAAGAATTAGCCAAAATTACGTCCTGTCAAACCCCCTATGGTAAATAGAAAAATAAATCCGATAGCTCATAGGGATGAAGGAGTTAAAGTAATTTGGGAGCCATGGTATGTTGCGAGTCATCTAAAAATTTTGATTCCAGTAGGAACTGCAATAATTATTGTGGCTGATGTGAAGTAAGCTCGAGTATCAACATCTATCCCTACTGTAAATATATGATGGGCTCACACTACAAATCCTAGCAGACCAATTGCTATTATAGCATAAATTATTCCTAATAAACCGAAAGCTTCCTTTTTGCCACTTTCTTGTCTAATAATATGAGAAATTATTCCGAAACCAGGTAAAATTAGAATATAAACTTCAGGATGTCCGAAAAATCAAAATAAATGCTGATAAAGAATAGGATCCCCTCCACCTGATGGGTCAAAGAAGGTAGTATTAATATTTCGATCTGTCAATAGTATAGTAATAGCTCCGGCTAATAC
>JE05
AATAATATCAATGGAAGAATTGGCTAAAACTACACCAGTTAATCCCCCTAAAGTAAAGAGGAAAATAAATCCAATAGCTCAAAGGGAGGAGGGGTTTAGGGTAATTTGAGACCCATGGTATGTAGCTAACCATCTAAAAATTTTGATTCCAGTCGGAACTGCAATAATTATTGTGGCAGACGTGAAATAGGCGCGAGTATCTACATCTATTCCTACTGTGAACATATGATGGGCTCATACTACAAAACCTAATAGTCCAATTGCTATTATAGCATAAATTATTCCCAATAATCCAAAAGCTTCCTTTTTTCCTCTTTTCTTGCCTAATAATATGAGAAATTATACCAAATCCTGGTAAAATTAAAATATAAACTTCAGGGTGCCCAAAAAATCAGAATAAGTGCTGATAGAGGATAGGGTCTCCTCCACCGGAGGGATCAAAAAAAGTAGTATTAATATTTCGGTCTGTTAAAAGTATAGTGATAGCCCCAGCTAAC
>JE06
GAATAATATCAATGGAAGAATTGGCTAAAACTACACCAGTTAATCCCCCTAAAGTAAAGAGGAAAATAAATCCAATAGCTCAAAGGGAGGAGGGATTTAGGGTAATTTGAGACCCATGGTATGTAGCTAACCATCTAAAAATTTTGATTCCAGTCGGAACTGCAATAATTATTGTGGCAGACGTGAAATAGGCGCGAGTATCTACATCTATTCCTACTGTGAACATATGATGGGCCCATACTACAAAACCTAATAGTCCAATTGCTATTATAGCATAAATTATCCCCAATAATCCAAAAGCTTCCTTTTTACCTCTTTCTTGCCTAATAATATGAGAAATTATACCAAATCCTGGTAAAATTAAAAATATAAACTTCAGGGTGCCCAAAAAATCAGAATAAGTGTTGATAGAGGATAGGGTCTCCTCCACCGGAGGGATCAAAAAAAGTAGTATTAATATTTCGGTCTGTTAAAAGTATAGTGATAGCTCCAGCTAA
>JE11L95
TATCAATGGAAGAATTGGCTAAAATTACACCAGTTAATCCCCCTAAAGTAAAGAGGAAAATAAATCCAATAGCTCAAAGGGAGGAGGGAGTCAGGGTAATTTGAGATCCATGGTATGTAGCCAATCATCTAAAAATTTTAATTCCAGTCCGAACTGCAATAATTATTGTGGCAGATGTAAAATAGGCGCGAGTATCTACATCTATTCCTACTGTGAAGTATATGGATGAGCTCATACTACAAAACCTAATAATCCAATTGCTATTATAGCATAAATTATTCCTAATAATCCAAAAGCTTCCTTTTTTCCTCTTTCTTGCCTAATAATATGGGAAATTATACCAAATCCTGGTAAAATTAAAATATAAACTTCAGGGTGCCCAAAAAATCAAAATAAGTGTTGATAGAGGATAGGGTCTCCTCCACCGGAGGGGTCAAAAAAAGTAGTATTAATATTTCGGTCTGTTAAAAGTATAGTGATAGCCCCAGCTAATACCG
>JE17NB95
AATATCAATGGAAGAATTGGCTAAAACTACACCAGTTAATCCCCCTAAAGTAAAGAGGAAAATAAATCCAATAGCTCAAAGGGAGGAGGGATTTAGGGTAATTTGAGACCCATGGTATGTAGCTAACCATCTAAAAATTTTGATTCCAGTCGGAACTGCAATAATTATTGTGGCAGACGTGAAATAGGCGCGAGTATCTACATCTATCCCTACTGTGAACATNATGATGGGCTCATACTACAAAACCTAATAGTCCAATTGCTATTATAGCATAAATTATTCCCAATAATCCAAAAGCTTCCTTTTTTCCTCTTTCTTGCCTAATAATATGAGAAATTATACCAAATCCTGGTAAAATTAAAATATAAACTTCAGGGTGCCCAAAAAATCAGAATAAGTGTTGATAGAGGATAGGGTCTCCTCCACCGGAGGGATCAAAAAAAGTAGTATTAATATTTCGGTCTGTTAAAAGTATAGTGATAGCCCCAGCTAACACC
>JE19NB95
ATATCAATGGAAGAATTGGCTAAAACTACACCAGTTAATCCCCCTAAAGTAAAGAGGAAAATAAATCCAATAGCTCAAAGGGAGGAGGGATTTAGGGTAATTTGAGACCCATGGTATGTAGCTAATCATCTAAAAATTTTGATTCCAGTCGGAACTGCAATAATTATTGTGGCAGATGTAAAATAGGCGCGAGTATCTACATCTATTCCTACTGTGAACATATGATGAGCTCATACTACAAAACCTAATAATCCAATTGCTATTATAGCATAAATTATTCCCAATAATCCAAAAGCTTCCTTTTTAAACCTCTTTCTTGCCTAATAATATGAGAAATTATACCAAATCCTGGTAAAATTAAAATATAAACTTCAGGGTGCCCAAAAAATCAGAATAAGTGTTGATAGAGGATAGGGTCTCCTCCACCGGAGGGATCAAAAAAAGTAGTATTAATATTTCGGTCTGTTAAAAGTATAGTGATAGCCCCAGCTAACACT
>JE39M95
TAATATCAATGGAAGAATTGGCTAAAACTACACCAGTTAATCCCCCTAAAGTAAAGAGGAAAATAAATCCAATAGCTCAAAGGGAGGAGGGATTTAGGGTAATTTGAGACCCATGGTATGTAGCTAACCATCTAAAAATTTTGATTCCAGTCGGAACTGCAATAATTATTGTGGCAGACGTGAAATAGGCGCGAGTATCTACATCTATCCCTACTGTGAATATATGATGGGCTCATACTACAAAACCTAATAGTCCAATTGCTATTATAGCATAAATTATTCCCAATAATCCAAAAGCTTCCTTTTTTCCTCTTTCTTGCCTAATAATATGAGAAATTATACCAAATCCTGGTAAAATTAAAATATAAACTTCAGGGTGCCCAAAAAATCAGAATAAGTGTTGATAGAGGATAGGGTCTCCTCCACCGGAGGGATCAAAAAAAGTAGTATTAATATTTCGGTCTGTTAAAAGTATAGTGATAGCCCCAGCTA

Unaligned protein sequences for Questions 4 below:

>LCseedSfl
MKKLTVAISAVAASVLMAMSAQAAEIYNKDSNKLDLYGKVNAKHYFSSNDADDGDTTYVRLGFKGETQINDQLTGFGQWEYEFKGNRAESQGSSKDKTRLAFAGLKFGDYGSIDYGRNYGVAYDIGAWTDVLPEFGGDTWTQTDVFMTGRTTGVATYRNNDFFGLVDGLNFAAQYQGKNDRTDVTEANGDGFGFSTTYEYEGFGVGATYAKSDRTNDQVIYGNNSLNASGQNAEVWAAGLKYDANNIYLATTYSETQNMTVFGNNHIANKAQNFEVVAQYQFDFGLRPSVAYLQSKGKDLGAWGDQDLIEYIDVGATYYFNKNMSTFVDYKINLIDKSDFTKASGVATDDIVAVGLVYQF
>PhoEseedEco1
MKMKKSTLALVVMGIVASASVQAAEIYNKDGNKLDVYGKVKAMHYMSDNDSKDGDQSYIRFGFKGETQINDQLTGYGRWEAEFAGNKAESDTAQQKTRLAFAGLKYKDLGSFDYGRNLGALYDVEAWTDMFPEFGGDSSAQTDNFMTKRASGLATYRNTDFFGVIDGLNLTLQYQGKNENRDVKKQNGDGFGTSLTYDFGGSDFAISGAYTNSDRTNEQNLQSRGTGKRAEAWATGLKYDANNIYLATFYSETRKMTPITGGFANKTQNFEAVAQYQFDFGLRPSLGYVLSKGKDIEGIGDEDLVNYIDVGATYYFNKNMSAFVDYKINQLDSDNKLNINNDDIVAVGMTYQF
>PhoEseedEco2
MKMKKSTLALVVMGIVASVSVQAAEIYNKDGNKLDVYGKVKAMHYMSDNDSKDGDQSYIRFGFKGETQINDQLTGYGRWEAEFAGNKAESDTAQQKTRLAFAGLKYKDLGSFDYGRNLGALYDVEAWTDMFPEFGGDSSAQTDNFMTKRASGLATYRNTDFFGVIDGLNLTLQYQGKNENRDVKKQNGDGFGTSLTYDFGGSDFAISGAYTNSDRTNEQNLQSRGTGKRAEAWATGLKYDANNIYLATFYSETRKMTPISGGFANKTQNFEAVAQYQFDFGLRPSLGYVLSKGKDIEGIGDEDLVNYVDVGATYYFNKNMSAFVDYKINQLDSDNKLNINNDDIVAVGMTYQF
>PhoEseedEco4
MKKSTLALVVMGIVASASVQAAEIYNKDGNKLDVYGKVKAMHYMSDNDSKDGDQSYIRFGFKGETQINDQLTGYGRWEAEFAGNKAESDTAQQKTRLAFAGLKYKDLGSFDYGRNLGALYDVEAWTDMFPEFGGDSSAQTDNFMTKRASGLATYRNTDFFGVIDGLNLTLQYQGKNENRDVKKQNGDGFGTSLTYDFGGSDFAISGAYTNSDRTNEQNLQSRGTGKRAEAWATGLKYDANNIYLATFYSETRKMTPITGGFANKTQNFEAVAQYQFDFGLRPSLGYVLSKGKDIEGIGDEDLVNYIDVGATYYFNKNMSAFVDYKINQLDSDNKLNINNDDIVAVGMTYQF
>PhoEseedSen1
MNKSTLAIVVSIIASASVHAAEVYNKNGNKLDVYGKVKAMHYMSDYDSKDGDQSYVRFGFKGETQINDQLTGYGRWEAEFAGNKAESDSSQQKNRLAFAGLKLKDIGSFDYGRNLGALYDVEAWTDMFPEFGGDSSAQTDNFMTKRASGLATYRNTDFFGIVDGLDLTLQYQGKNEDRDVKKQNGNGFGTSVSYDFGGSDFAVSGAYTLSDRTREQNLQRRGTGDKAEAWATGVKYDANDIYIATFYSETRNMTPVSGGFANKTQNFEAVIQYQFDFGLRPSLGYVLSKGKDIEGVGSEDLVNYIDVGATYYFNKNMSAFVDYKINQLDSDNTLGINDDDIVAIGLTYQF
>PhoEseedSen2
MNKSTLAIVVSIIASASVHAAEVYNKNGNKLDVYGKVKAMHYMSDYDSKDGDQSYVRFGFKGETQINDQLTGYGRWEAEFAGNKAESDSSQQKTRLAFAGLKLKDIGSFDYGRNLGALYDVEAWTDMFPEFGGDSSAQTDNFMTKRASGLATYRNTDFFGIVDGLDLTLQYQGKNEDRDVKKQNGDGFGTSVSYDFGGSDFAVSGAYTLSDRTREQNLQRRGTGDKAEAWATGVKYDANDIYIATFYSETRNMTPVSGGFANKTQNFEAVIQYQFDFGLRPSLGYVLSKGKDIEGVGSEDLVNYIDVGAIYYFNKNMSAFVDYKINQLDSDNTLGINDDDIVAIGLTYQF
>PhoEseedSfl
MKKSTLALVVMGIVASASVQAAEIYNKDGNKLDVYGKVKAMHYMSDNASKDGDQSYIRFGFKGETQINDQLTGYGRWEAEFAGNKAESDTAQQKTRLAFAGLKYKDLGSFDYGRNLGALYDVEAWTDMFPEFGGDSSAQTDNFMTKRASGLATYRNTDFFGVIDGLNLTLQYQGKNENRDVKKQNGDGFGTSLTYDFGGSDFAISGAYTNSDRTNEQNLQSRGTGKRAEAWATGLKYDANNIYLATFYSETRKMTPITGGFANKTQNFEAVAQYQFDFGLRPSLGYVLSKGKDIEGIGDEDLVNYIDVGATYYFNKNMSAFVDYKINQLDSDNKLNINNDDTVAVGMTYQF
>PhoEseedSty
MNKSTLAIVVSIIASASVHAAEVYNKNGNKLDVYGKVKAMHYMSDYDSKDGDQSYVRFGFKGETQINDQLTGYGRWEAEFASNKAESDSSQQKTRLAFAGLKLKDIGSFDYGRNLGALYDVEAWTDMFPEFGGDSSAQTDNFMTKRASGLATYRNTDFFGIVDGLDLTLQYQGKNEDRDVKKQNGDGFGTSVSYDFGGSDFAVSGAYTLSDRTREQNLQRRGTGDKAEAWATGVKYDANDIYIATFYSETRNMTPVSGGFANKTQNFEAVIQYQFDFGLRPSLGYVLSKGKDIEGVGSEDLVNYIDVGATYYFNKNMSAFVDYKINQLDSDNTLGINDDDIVAIGLTYQF
>nmpCseedEco1
MNIYRAVTSFFNNSSKKGLTMKKLTVAISAVAASVLMAMSAQAAEIYNKDSNKLDLYGKVNAKHYFSSNDADDGDTTYARLGFKGETQINDQLTGFGQWEYEFKGNRAESQGSSKDKTRLAFAGLKFGDYGSIDYGRNYGVAYDIGAWTDVLPEFGGDTWTQTDVFMTQRATGVATYRNNDFFGLVDGLNFAAQYQGKNDRSDFDNYTEGNGDGFGFSATYEYEGFGIGATYAKSDRTDTQVNAGKVLPEVFASGKNAEVWAAGLKYDANNIYLATTYSETQNMTVFADHFVANKAQNFEAVAQYQFDFGLRPSVAYLQSKGKDLGVWGDQDLVKYVDVGATYYFNKNMSTFVDYKINLLDKNDFTKEGANKSLI
>nmpCseedSty
MKLKLVAVAVTSLLAAGVVNAAEVYNKDGNKLDLYGKVHAQHYFSDDNGSDGDKTYARLGFKGETQINDQLTGFGQWEYEFKGNRTESQGADKDKTRLAFAGLKFADYGSFDYGRNYGVAYDIGAWTDVLPEFGGDTWTQTDVFMTGRTTGVATYRNTDFFGLVEGLNFAAQYQGKNDRDGAYESNGDGFGLSATYEYEGFGVGAAYAKSDRTNNQVKAASNLNAAGKNAEVWAAGLKYDANNIYLATTYSETLNMTTFGEDAAGDAFIANKTQNFEAVAQYQFDFGLRPSIAYLKSKGKNLGTYGDQDLVEYIDVGATYYFNKNMSTFVDYKINLLDDSDFTKAAKVSTDNIVAVGLNYQF