RNA FREE ENERGY - CONCEPT

Turner Energy Rules
   
                               
         

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3'

A

  

G

5'

 RNA Free Energy: 
 
  TOP
AU CG GC UA GU UG
B
O
T
T
O
M		 AU -0.9 -1.8 -2.3 -1.1 -0.5 -0.7
CG -2.1 -2.9 -3.4 -2.3 -1.5 -1.5
GC -1.7 -2 -2.9 -1.8 -1.3 -1.5
UA -0.9 -1.7 -2.1 -0.9 -0.7 -0.5
GU -0.9 -1.7 -2.1 -0.9 -0.5 -0.5
UG -0.9 -1.7 -2.1 -0.9 0.6 -0.5
Bases in
Loop		 Internal
Loop		 Bulge
Loop		 Hairpin
Loop
1 0 3.3 0
2 0.8 5.2 0
3 1.3 6 7.4
4 1.7 6.7 5.9
5 2.1 7.4 4.4
6 2.5 8.2 4.3
7 2.6 9.1 4.1
8 2.8 10 4.1